La Escuela Particular Juan Pablo II, perteneciente a la Fundación Juan XXIII, es un colegio confesional, por lo que dentro de sus estamentos tiene un gran valor el área pastoral, la cual está enfocada a vivir a la luz de la fe, los valores del evangelio de Jesucristo para aplicarlos en nuestro diario vivir. El equipo de pastoral de nuestra escuela está formado por:

1. Elba Melo Pinilla.
2. Mario Young Burgos
3. Padre Iván García (Capellán)

La Pastoral de la Escuela Juan pablo II desarrolla estrategias para fortalecer la identidad comunitaria, por medio de acciones que desarrollen los valores característicos de la espiritualidad de San Juan Pablo II, en los distintos estamentos de la comunidad educativa y de esta manera ser sembradores de esperanza en nuestras familias y nuestro entorno.

• Todas nuestras actividades están enfocadas a que cada uno de los miembros de la comunidad desarrolle valores cristianos aplicables a su desarrollo personal y al bien común, teniendo como ejemplo a nuestro gran patrono San Juan Pablo II. Nuestras actividades principales están enfocadas en:
• Fortalecer el sentido de fraternidad de la comunidad educativa, a través de las oraciones, celebraciones y encuentros.
• Favorecer el encuentro de los alumnos con el amigo Jesús a través de la realización de los Encuentros con Cristo en todos los niveles.
• Facilitar la catequesis de primera comunión para los alumnos, realizando la catequesis en el establecimiento con el apoyo de la parroquia San Juan Bautista.